A distanza di quasi 1 secolo e mezzo dal Primo Miracolo della Madonna Dell’Arco, l’afflusso dei Pellegrini aumentava vorticosamente e si iniziarono a creare dei disagi a livello organizzativo ed economico. Inoltre, erano presenti dei dissensi durati per moltissimi anni fra il Vescovo di Nola, il Comune di Sant’Anastasia e il Viceré di Napoli sulla questione della primitiva piccola Chiesetta in onore della Madonna Dell’Arco e sul come gestire nel miglior modo il numeroso afflusso dei Fedeli. Con l’ascesa in campo di Papa Clemente VIII si risolse un problema molto grande e chiamò in causa nell’anno 1592 Padre Giovanni Leonardi da Lucca, divenuto nei secoli Santo, il fondatore della congregazione dei Chierici regolari della Madre di Dio con la presenza di alcuni suoi Preti. In seguito alla stesura della lettera della Sacra Congregazione di Papa Clemente VIII, incaricò il Vescovo di Nola di affidargli la cura spirituale della Chie­sa primitiva della Madonna Dell’Arco e di assumere tre o quattro uomini del casale di Sant'Anastasia per la gestione delle ele­mosine e dei beni temporali. Nell’Ottobre dello stesso anno, Padre Giovanni Leonardi, con la nomina del Vescovo di Nola, prese possesso della Chiesetta e l’anno successivo, ovvero il 6 Aprile 1593, iniziò la costruzione dell’ attuale “Santuario della Madonna Dell’Arco”. Il 10 Maggio venne posta con orgoglio la prima pietra, benedetta dal Vescovo di Nola “Monsignor Gallo”. Su di essa fu inciso da una parte: Nell'anno del Signore 1593 il primo maggio, essendo Papa Clemente VIII, Re di Spagna Filippo Il, e Vescovo di Nola Fabrizio Gallo fu posta questa prima pietra”. E dalla parte opposta: “Alla Beata Vergine dell'Arco per la bestemmiatrice Aurelia castigata nei piedi l'anno 1590 il giorno 20 Aprile”. I lavori per la progettazione del Santuario della Madonna Dell’Arco furono assegnati all’architetto “Giovanni Cola Di Franco” che, in precedenza, aveva diretto vari lavori a Napoli per la realizzazione della Chiesa di Santa Maria La Nova, di San Gregorio Armeno, di Santa Maria della Vita e la costruzione dell’Edicola Votiva di San Gennaro.